Powstało w 1953 roku w niewielkiej willi w sąsiedztwie bulwaru nadmorskiego. Rozpoczęto wówczas gromadzenie eksponatów związanych z historią Polskiej Marynarki Wojennej. Po rozbiórce willi w 1969 roku muzeum nie dysponowało własną siedzibą. W 2008 roku zbudowano nowy budynek Muzeum, ekspozycję zorganizowano w 2012 roku. W skład Muzeum Marynarki Wojennej wchodzi także plenerowa ekspozycja broni i uzbrojenia okrętowego.