„Jan Heweliusz” wyszedł w morze pięć minut po północy – z 2-godzinnym opóźnieniem ze względu na remont furty rufowej. 

Około godziny 4, potężny huragan uderzył w burtę statku. Do kompensacji przechyłów załoga używała systemu balastowego, co w efekcie stało się przyczyną tragedii. Przejście w pewnym momencie dziobem  linii wiatru, spowodowało napór na nie zabalastowaną burtę. Przechył gwałtownie zaczął się pogłębiać. Po zerwaniu zamocowań przez przewożone ciężarówki, które zaczęły się przemieszczać, los statku był przesądzony. O godzinie 5:12 „Jan Heweliusz” przewrócił się.

W katastrofie zginęło 20 marynarzy, w tym kapitan statku Andrzej Ułasiewicz, i 35 pasażerów. Uratowano zaledwie 9 marynarzy. Mimo że większość osób znajdujących się na pokładzie przeżyła przewrócenie się promu, część z nich zginęła z zimna, potęgowanego przez silny wiatr i wysokie fale zalewające wnętrza tratw (temperatura wody 2 stopnie Celsjusza). 

Jako przyczynę wypadku Odwoławcza Izba Morska uznała zły stan techniczny statku i błędy kapitana (ta część orzeczenia budzi kontrowersje). Sprawa trafiła do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka w Strasburgu, który w marcu 2005 r.  przyznał odszkodowania ( po 4,6 tys. euro) za straty moralne każdemu z jedenaściorga krewnych i członków rodzin ofiar katastrofy promu. Według Trybunału, Izby Morskie w Szczecinie i Gdyni nie rozpatrzyły sprawy zatonięcia promu w sposób bezstronny, m.in. pomijając część materiału dowodowego oraz nie przesłuchując istotnych świadków. Wytknięto także jako naruszenie procedury fakt, że ten sam sędzia prowadził postępowanie śledcze, a następnie orzekał jako przewodniczący składu. 

Wrak osiadł na głębokości 27 m, 10 m poniżej minimalnego poziomu lustra wody. Jest często odwiedzany przez nurków.